O vizită în muzeu nu se limitează doar la o singură clădire și la încadrarea într-un profil singular al specializării, devenind un periplu amplu ce prezintă aspecte multiple ale trecutului și ale prezentului în plină transformare, oglindite într-o largă varietate de exponate, pe aproximativ 10.000 de metri pătrați, 5.500 reprezentând spații expoziționale noi și recent reamenajate.
Prezentând inițial colecția de pictură europeană a baronului Samuel von Brukenthal într-o singură clădire, astăzi muzeul adăpostește o mare diversitate de colecții valoroase în 9 clădiri, dintre care 5 sunt palate ridicate în diferite epoci: cea mai timpurie clădire (cu elemente de fundație din sec. XIII) face parte din complexul arhitectonic în care se află Muzeul de Istorie, cea mai târzie, datând din 1901, găzduiește Galeria de Artă Contemporană.
În perioada cuprinsă între anii 2006 și 2009, muzeul a constituit subiectul unei spectaculoase transformări, toate clădirile pe care le administrează fiind renovate, iar 85% din expoziții reconsiderate și extinse în acord cu metodologii și concepte ale muzeografiei contemporane.
Prioritare în programele Muzeului Național Brukenthal și în proiectele de viitor sunt valorificarea patrimoniului muzeului la nivel european prin intermediul expozițiilor internaționale. Programul a debutat cu expoziția Bruegel, Memling, Van Eyck — The Brukenthal Collection, deschisă în anul 2009, la Muzeul Jacquemart-André din Paris și a continuat cu cel de schimburi expoziționale, realizat în colaborare cu muzee din Polonia, Germania, Italia etc și dezvoltarea programelor de educație muzeală, Muzeul Național Brukenthal fiind ales de Comisia Europeană și Europa Nostra între câștigătorii ediției 2010 a Premiilor Uniunii Europene pentru Patrimoniu Cultural/Europa Nostra (Categoria 4 — Educație, Instruire și Conștientizare). A fost primul muzeu din România care a primit un premiu al Uniunii Europene.
În anul 2011, Muzeul Național Brukenthal a fost inclus în The Best in Heritage Excellence Club de către European Heritage Association.
Muzeul Național Brukenthal a desfășurat și desfășoară o activitate susținută de branding. Reprezentând portretul Baronului Samuel von Brukenthal, brand-ul afirmat o dată cu lansarea Ciocolatei Brukenthal (2008) a fost promovat alături de imaginea fațadei palatului și logo-ul instituției într-o serie din ce în ce mai largă de produse de brand și produse personalizate, primind, în anul 2012, premiul „Cel mai Promițător Brand Cultural Românesc”.
În mai 2013, Muzeul Național Brukenthal a lansat campania „I love Brukenthal”, ce propune revenirea la recunoașterea actului individual al patronajului cultural, adresându-se, prin intermediul instituției muzeale, comunității locale, naționale sau europene din care aceasta face parte, prin anvergura proiectelor pe care le desfășoară. În cadrul campaniei sunt cuprinse proiecte deosebite din domeniul expozițional, editorial, al restaurării, donații, alte inițiative menite să sprijine activitatea muzeului acolo unde finanțarea bugetară este insuficientă sau inexistentă.
În cadrul acestei campanii, în luna iulie a anului 2013, Muzeul Național Brukenthal a lansat o serie de produse tip suvenir, a căror imagine o constituie motanii Antonello si Donatello, mascotele Palatului Brukenthal.În cele trei magazine și două puncte de vânzare, Muzeul Național Brukenthal prezintă o vastă ofertă editorială în care sunt cuprinse peste 200 de publicații editate în ultimii opt ani, adresate tuturor categoriilor de cititori, de la cărți de pedagogie muzeală și ghiduri, la cataloage și publicațiile științifice din seria Bibliotheca Brukenthal, cărora se adaugă revista științifică a muzeului, „Brukenthal. Acta Musei”.
La subsolul Palatului Brukenthal este expoziția „Gothic: Trăirea Neogotică vs. Modelul Iluminist”.
Deși a generat o largă diversitate de studii științifice în domenii precum literatură, film, sociologie, psihologie etc., Gotic-ul, ca experiență autentică, a fost prea puțin ilustrat în expoziții. Expoziția Gothic, deschisă la Muzeul Național Brukenthal, este prima cu profil permanent care explorează rădăcinile fenomenului în artele vizuale ale sfârșitului de secol XVIII și pe parcursul secolului al XIX-lea, evidențiind sursele literare și contextul istoric al reacției neo-gotice la Iluminism. Conceptul expoziției vine în întâmpinarea preferințelor publicului pentru poveștile gotice, într-o abordare educativă și rațională, bazată pe tiparele estetice oferite de obiectele de muzeu, creând, astfel, o imagine vie a perioadei caracterizate de neliniște culturală și îndrăznețe invenții artistice.
Tradiția reproducerii operelor de artă de mare valoare este veche, întorcându-se până la practica romanilor de a copia statuile grecești. În vremurile modernității, aproape fiecare muzeu deținea copii sau reproduceri ale capodoperelor sculpturii universale. Colecția de gipsuri a Muzeului Brukenthal cuprinde peste 100 de piese de mari dimensiuni, cărora li se adaugă rondele, copii de medalii, efigii. O astfel de expoziție întâmpină o largă diversitate de preocupări, de la documentarea istorică, la studiul mitologiei și la aplecarea spre artă. În cele trei încăperi de la subsolul palatului, piesele sunt dispuse în ordine cronologică, de la sculptură grecească și romană la cea renascentistă și modernă.