De asemenea se regăsesc fosile de plante, un exemplar impresionant fiind fosila frunzei de palmier (Sabal major) din Cretacicul superior (circa 65 milioane ani), descoperită în jud. Alba, lângă Vințul de Jos. Tot în această sală pot fi admirate fragmente din meteoritul căzut la Mociu (Cluj), în anul 1882, eșantioane provenite atât din România, cât și din alte țări, clasificate pe diferite grupe de compuși chimici.
În a doua sală sunt etalate animale din fauna actuală a globului, de la nevertebrate (viermi, moluște, artropode) la primele grupe de vertebrate (pești torpila, acul de mare, căluțul de mare, păstrăv, știuca, cuib de ghidrin, salamandre, broaște râioase, broaște țestoase, gușteri, cameleoni, șerpi). Atractivă în această sală este vitrina în care este reprezentat fenomenul de mimetism din lumea animală.
Aceasta cuprinde celebrul fluture Kallima inachis din sudul Asiei, cu aspect de frunză, sau lăcuste asemănătoare cu o rămurică subțire de copac. Tot aici sunt expuși așa numiții ”monștrii”, respectiv animale și fetuși umani cu malformații precum: fetus uman cu spina bifida, purcel cu două capete, purcel cu opt picioare sau pui de găină cu patru picioare.
A treia sală și cea mai atractivă, cuprinde colecțiile de păsări și mamifere cu specii din mai multe zone ale globului, cu multe rarități, chiar endemisme printre care: pasărea paradisului (trimisă muzeului de naturalistul Samuel Fenichel în 1892, din Noua Guinee), pasărea kiwi — endemism neo-zeelandez, bufnița polară, dropia, papagalul uriaș Stringops, cu aspect de bufniță, pasărea Colibri — cea mai mică pasăre din lume, pinguinul, ornitorincul, cangurul, oposumul, leneșul, furnicarul, tatuul, civeta, hiena, urangutanul, câinele zburător și multe altele.
Cea de a patra și ultima sală cuprinde exponate ilustrând evoluția scheletului la vertebrate, încheind cu scheletul uman. Sunt expuse aici un rostru al ”peștelui—fierăstrău”, maxilar de rechin, schelet de șarpe boa, schelet de delfin, schelet de lup, craniu de bivol, măsea și fildeș de elefant, dar și o parte a colecției de ouă a muzeului, cuiburi ale unor specii de păsări. De asemenea sunt expuse mulaje reprezentând principalele rase umane de pe Glob, și un schelet uman despre care se spune ca ar fi al unuia dintre paznicii colegiului care și-a exprimat dorința ca după moartea sa scheletul să-i fie expus în muzeu.
Pe lângă expoziția permanentă în cadrul instituției sunt organizate și expoziții tematice temporare, la care pot fi adăugate și expoziții în colaborare cu alte instituții similare.
În septembrie 2013 expoziția de bază a muzeului a fost închisă temporar pentru lucrări de reabilitare. (Agenţia Naţională de Presă AGERPRES)