În baza hotărârii nr. 482/24.06.1999, publicată în Monitorul Oficial 293/1999, se schimbă denumirea societății în Societatea Comercială de Transport cu Metroul București — METROREX S.A. Exploatarea, întreținerea curentă și reparațiile infrastructurii și materialului rulant se efectuează de regulă cu personal angajat al societății, distribuit în subunități de bază, după cum urmează: electroenergetică, electromecanică, semnalizare bloc comandă, automatizări și telecomunicații, linii-tunele, administrare stații, comercial, depouri și uzina de reparații.
Sistemul de transport cu metroul este monitorizat și coordonat permanent de un dispecerat central, care subordonează la rândul lui alte cinci dispecerate de ramură. Metroul bucureștean are deja o configurație impunătoare care-l așează printre cele mai moderne și mai eficiente mijloace de transport urban. Construcția lui continuă și însuși acest fapt confirmă încă o dată că Bucureștiul simte o nevoie acută de metrou.
La data de 19 noiembrie 1979, primul tronson al magistralei I, în lungime de 8,1 km cu șase stații, pe distanța Semănătoarea — Timpuri Noi, era dat în exploatare în beneficiul călătorilor. Cele șase stații sunt: Semănătoarea, Grozăvești, Eroilor, Izvor, Piața Unirii, Timpuri Noi. Până la 19 decembrie 1979, când s-a tăiat oficial panglica de începere a exploatării metroului, garniturile au funcționat cu călători, fiind singurul metrou care, în perioada de probe, a funcționat astfel.
În decembrie 1984, se dă în exploatare porțiunea dintre Semănătoarea și Crângași (o stație). Cu această ocazie, se face legătura între cartierul Giulești — centrul Bucureștiului — Platforma industrială 23 August — Platforma industrială Militari (Industriilor). În tot acest timp, se lucra intens și la construirea magistralei II, magistrală care urma să lege partea de nord a Bucureștiului cu partea de sud.
În ianuarie 1986, se dă în exploatare tronsonul I din magistrala II, compus din 8 stații: Piața Unirii II, Tineretului, Pieptănari, Constantin Brâncoveanu, Piața Sudului, Apărătorii Patriei, IMGB („Dimitrie Leonida”), Depoul IMGB („Berceni”). Cu această ocazie, se unește a treia mare zonă industrială, IMGB, cu centrul capitalei.
În octombrie 1987, se dă în exploatare tronsonul II (Piața Unirii II — Pipera) din magistrala II, compus din șase stații: Universitate, Piața Romană, Piața Victoriei, Aviatorilor, Aurel Vlaicu, Pipera. Acest tronson trebuia dat în exploatare cu călători cu câteva luni mai devreme, dar au existat întârzieri față de planificări. În decembrie 1987, se dă în exploatare încă o stație după stația Crângași și anume Gara de Nord, efectuându-se astfel legarea zonelor industriale cu Gara CFR.
În luna august 1989, se dă în folosință magistrala III, care face legătura între stația Gara de Nord și stația Dristor 2 având șase stații: Piața Victoriei 1, Ștefan cel Mare, Obor, Piața Iancului, Piața Muncii, Dristor 2. Cu această ocazie, se închide inelul de metrou care încorporează centrul capitalei.
În anul 1990, se schimbă numele a două stații: Leontin Sălăjan devine Nicolae Grigorescu, iar Pieptănari devine Eroii Revoluției.
În mai 1991, se dă în exploatare stația Antilopa și segmentul dintre Republica și Antilopa. La sfârșitul anului 1992, se dă în exploatare stația Basarab 1, construită între stația Crângași și stația Gara de Nord. Această stație va cuprinde în viitor și stația Basarab 2, stație care va deservi magistrala IV. Stația este comună pentru călători, dar are linii separate care deservesc cele două magistrale I și IV.
După 1990, având în vedere că distanța dintre stațiile Armata Poporului („Lujerului”) și stația Păcii era de circa 2,5 km, iar cartierul Militari, zona Piața Gorjului (zonă foarte aglomerată) era la mijlocul acestei distanțe, se ia hotărârea ca la Piața Gorjului să se construiască o nouă stație. Lucrările au fost foarte anevoioase, mai ales că trenurile trebuia să circule. În aceste condiții, s-a hotărât ca stația să se construiască și să se dea în exploatare împărțită în jumătate. Astfel, această stație a fost dată în exploatare în două etape, în anii 1994 și 1998. În anul 1994 s-a dat în exploatare jumătatea de stație, care desemna direcția de mers dinspre Armata Poporului („Lujerului”) spre Păcii, iar în 1998 s-a dat în exploatare și cealaltă jumătate de stație.
Pe data de 1 martie 2000, se dă în exploatare magistrala IV de metrou, având 4 stații: Gara de Nord II, Basarab II, Grivița, 1 Mai.
Pe data de 19 noiembrie 2008, se dă în exploatare tronsonul de prelungire al magistralei III dintre Nicolae Grigorescu și Linia de Centură, având ca stații: Nicolae Grigorescu II, 1 Decembrie 1818, Policolor (actuala „Nicolae Teclu”), Linia de Centură (actuala „Anghel Saligny”).
Pe data de 1 iulie 2011, se dă în exploatare tronsonul de prelungire al magistralei IV dintre Jiului și Parc Bazilescu, având ca stații : Jiului, Parc Bazilescu.
Lungimea rețelei de metrou a municipiului București se întinde pe 69,25 km, distribuiți pe patru linii magistrale și 51 de stații. În construcție este magistrala V, între Râul Doamnei — Hașdeu (Operă) — tronson 1, cu o lungime de 6,5 km și 10 stații.
Sistemul de taxare este pe bază de cartelă magnetică, introdusă în 1995. Sistemul a fost modernizat în 2000, iar din 2006 a fost introdusă și o cartelă comună Metrorex — RATB. (Agenţia Naţională de Presă AGERPRES)