A plecat de la Steaua în ianuarie 2000, la FC Naţional, ca jucător şi antrenor secund, pentru ca în vara aceluiaşi an să fie numit antrenor principal la formaţia din Parcul cu platani. În anul 2001 l-a însoţit ca secund pe bunul său prieten Mihai Stoichiţă la conducerea reprezentativei statului Panama, iar în 2002 a fost numit principal la Oţelul Galaţi. În ediţia din campionatul 2002-2003 realizează cea mai bună performanţă ca antrenor, reuşind un merituos loc 4. În martie 2004 a fost numit antrenor principal la formaţia Ceahlăul Piatra Neamţ. În anul 2005 a antrenat Inter Gaz Bucureşti, ca din 2006 să ajungă să preia conducerea tehnică a clubului UTA Arad.
La 31 octombrie 2007, debutează ca antrenor la Steaua Bucureşti, într-un meci cu Oţelul Galaţi, câştigat cu scorul de 3-1. Demisionează din funcţie la 22 octombrie 2008, după înfrângerea cu Olympique Lyon, scor 3-5, în etapa a III-a a Ligii Campionilor. Revine ca principal la clubul din Ghencea, în decembrie 2008, dar pleacă din nou de la echipă în mai 2009. În septembrie 2009, Marius Lăcătuş preia ca antrenor echipa FC Vaslui, funcţie din care demisionează la 27 mai 2010, după care a plecat cu familia sa în Spania. La 27 septembrie 2010, Lăcătuş şi-a început cel de-al treilea mandat de antrenor la clubul de fotbal Steaua Bucureşti. Și-a prezentat demisia, la 7 martie 2011, decizia tehnicianului venind după ce roş-albaştrii au fost învinşi, cu o zi înainte, scor 3-0, în Ghencea, de FC Braşov. A fost antrenor la FCM Târgu Mureş, între 21 ianuarie 2012 — 18 martie 2012. Din octombrie 2013 antrenează Politehnica Iaşi în liga a doua de fotbal.
Este căsătorit cu Mariana şi are o fetiţă, Alexandra.
* * *
Unul dintre cei mai buni prieteni ai stelistului Lăcătuş este dinamovistul Andone! „Sunt mândru să am un prieten ca Marius! De fapt, noi am devenit foarte apropiaţi încă din vremea primelor convocări la echipa naţională, din anii ’80, atunci când Mircea Lucescu era selecţioner. La vremea aceea, între jucătorii echipelor adverse exista o rivalitate frumoasă.
După ce eram adversari pe gazon — şi ţineţi minte că nici eu şi nici Marius nu eram uşă de biserică—, ne dădeam mâna şi apoi ieşeam împreună cu familiile în oraş. De cele mai multe ori, mergeam împreună cu Marius şi cu Mariana Lăcătuş la restaurantul Parcul Trandafirilor sau la Lido. Ne simţeam bine împreună şi prietenia noastră durează şi azi. Nu ştiu dacă, în zilele noastre, fotbaliştii de la Steaua şi de la Dinamo mai ies împreună la finalul meciurilor”, povesteşte Ioan Andone într-un interviu.
La 22 martie 1989, Steaua şi Dinamo, ambele neînvinse după 19 meciuri, se întâlneau într-un meci crucial. După ce Balint a marcat golul victoriei Stelei în ultimul minut, opt jucători dinamovişti, în frunte cu căpitanul Ioan Andone, au mers în faţa tribunei oficiale, unde au aplaudat ironic, iar Andone a făcut gesturi obscene la adresa lui Valentin Ceauşescu.
Imediat a fost suspendat, iar fiul fostului preşedinte comunist şi generalii din armată au cerut eliminarea jucătorului din viaţa sportivă. „Și acum îi sunt recunoscător lui Marius Lăcătuş, pentru că a intervenit pentru mine la Valentin Ceauşescu! Era furios, dar Marius s-a zbătut să-l convingă să mă ierte, pentru că altfel rămâneam suspendat pe viaţă”, îşi aminteşte Ioan Andone.