Ei au fost trimiși în judecată la 30 septembrie 2004. După aproape o lună, la 25 octombrie 2004, la Tribunalul Buzău a început procesul acestora. Ulterior, la 17 ianuarie 2005, magistrații Înaltei Curții de Casație și Justiție au decis strămutarea dosarului de la Judecătoria Buzău la instanța similară din Focșani.
Strămutarea procesului a avut loc în urma solicitării administratorului firmei ”Mihtrans” din județul Dolj, Mihai Gună, adresată Înaltei Curți de Casație și Justiție.
În proces s-au constituit ca părți civile peste 400 de persoane, rude ale celor decedați în tragedie sau săteni, ale căror case au fost distruse de suflul exploziei, care au solicitat instanței de judecată despăgubiri de 27 miliarde lei.
Sentința în acest proces a fost pronunțată la 20 decembrie 2006 de instanța Judecătoriei Focșani care i-a condamnat la patru ani de închisoare cu executare pe inculpații Ionel Ionuț Neagoe, Mihai Gună și Ion Gherghe. De asemenea, instanța a mai dispus acordarea de despăgubiri în valoare totală de 3,24 milioane de lei și 430.000 Euro, celor care s-au constituit părți civile în proces și a decis menținerea sechestrului pe bunurile Ney Transport SRL și Mihtrans SRL, aflate în proprietatea inculpaților Ionel Ionuț Neagoe și Mihai Gună.
Cele mai mari despăgubiri le-au obținut părinții celor doi ziariști ai Antenei 1 decedați în timpul deflagrație.
Împotriva sentinței cei trei inculpați au formulat apel, la Tribunalul Vrancea. De asemenea au mai formulat apel părinții cameramanului Antenei 1, Doinița Mihalache, soția căpitanului de pompieri care a pierit în tragicul eveniment, șeful de post din Mihăilești, Gabriel Hurlup, precum și Vasile Jianu, tatăl unui dintre pompierii decedați.
Apelul a început să se judece la 30 martie 2007, dar a fost amânat de mai multe ori până la 5 octombrie 2007 când judecătorii Tribunalului Vrancea au desființat sentința dată de Judecătoria Focșani și au decis sa-i achite pe Ionel Ionuț Neagoe (administrator al Ney Transport SRL), Mihai Gună (patron al Mihtrans SRL) și Ion Gherghe (fost director al combinatului Doljchim Craiova). Au decis, de asemenea respingerea tuturor pretențiilor civile solicitate pe parcursul procesului.
Împotriva acestei decizii a fost formulat recurs, astfel că la 3 martie 2008, Curtea de Apel Galați a menținut sentința pronunțată, în decembrie 2006, de Judecătoria Focșani și i-a condamnat la patru ani de închisoare cu executare pe administratorul Ney Transport SRL, Ionel Ionuț Neagoe, pe patronul Mihtrans SRL, Mihai Gună, și pe fostul director al combinatului Doljchim din Craiova, Ion Gherghe.
De asemenea, Curtea de Apel Galați a menținut, în parte, sentința civilă a Judecătoriei Focșani, condamnații, în solidar cu societățile pe care le conduc, fiind obligați la plata unor despăgubiri civile în valoare totală de 3,24 milioane de lei și 430.000 de euro petenților care s-au constituit ca părți civile în proces.
Dosarul Mihăilești cuprinde șapte volume și peste 1.000 de file. (Agenţia Naţională de Presă AGERPRES)